Celem działalności Centrum jest szeroko pojęta edukacja we wszelkich możliwych, a skutecznych formach podnoszenia wiedzy i świadomości ekologicznej dzieci, młodzieży i dorosłych w regionie kujawsko-pomorskim.

Nowoczesna baza dydaktyczna oraz lokalizacja Centrum pośród różnorodnych siedlisk przyrodniczych (lasy, łąki, stawy z roślinnością szuwarową) stwarza wspaniałe możliwości edukacji ekologicznej.

Przyroda otaczająca Centrum stanowi bazę zajęć terenowych, na których głównie opiera się edukacja ekologiczna. Bazę dydaktyczną zapewnia Ogród Botaniczny, Ogród Fauny Polskiej z unikatową kolekcją krajowej fauny oraz ścieżki dydaktyczne znajdujące się w bliskim sąsiedztwie
K-PCEE.